La unidad operativa del Instituto es el proyecto. Todas las unidades del Instituto serán consideradas como proyectos. Es decir, deberán definir y justificar un conjunto de actividades programadas para un período de tiempo y las indicaciones de ingresos y gastos relacionadas a esas actividades. Las unidades que tienen programados proyectos de investigación o de carácter comercial deberán incluirlos como componentes de la programación general de la unidad correspondiente.

Las unidades operativas como las estaciones, campos y laboratorios también preparan sus propias propuestas de proyecto orientados a generar ingresos en el marco de las capacidades que poseen.

El plan de trabajo del Instituto será la sumatoria de los planes operativos anuales de todas las unidades (Dirección Ejecutiva, gerencias, programas, centros, estaciones y campos, laboratorios) que a la vez integrarán todos los proyectos o componentes de proyectos a desarrollar en ese período.

Como se observa, la instancia actual de programa, conformado por un equipo fijo de investigadores, con sede en los centros y un plan operativo a desarrollar, desaparece en la reorganización propuesta.

Para facilitar la planificación, seguimiento y evaluación, los proyectos utilizan el marco lógico como herramienta de apoyo. Cada investigador tendrá su plan de acción individual, que contemplará los proyectos en los que está involucrado, su nivel de responsabilidad y el tiempo que ocupa en cada uno.